電帳対応データ保存サービスElectronic Books Maintenance Act

破棄しても問題ないと考えられます。
国税庁　電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問36では

とされていますので自社システムに取り込めば(※取り込んだ後にデータが訂正・削除されないこと)、元のEDIデータは不要と考えられます。

猶予措置と緩和措置ということが言われますが、猶予措置とは、相当の理由があって、改ざん防止のための措置をとることができない、ディスプレイなどを備えることができない、検索をすることができない場合などのための措置で、緩和措置というのは検索要件に関する緩和です。

それぞれ確認してみましょう。
説明の都合上、まずは検索要件の緩和措置から見ていきます。

検索要件の緩和措置がどのようなものか、次の国税庁のパンフレットのフローに沿って、自社の電子取引データ保存の対応状況を確認しつつ見てみましょう。

国税庁電子帳簿保存法　電子取引データの保存方法をご確認ください
https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/tokusetsu/pdf/0023006-085_01.pdf
解説のため一部加筆しています。

1. 改ざん防止のための措置をとっていますか＝YES
2. ディスプレイ・プリンタを備え付けて(中略)いますか＝YES
3. 取引等の「日付・金額・取引先」で検索することができますか＝YES
4. 次の要件をいずれも満たしていますか。
   ・日付又は金額について範囲を指定した検索ができる＝YES
   ・「日付・金額・取引先」のうち2つ以上の任意の項目を組み合わせて検索できる＝YES

というようにすべてYESのときは電帳の要件を満たしているといえますので問題ありません。
ここで、3あるいは4がNOだった場合に設けられているのが検索要件の緩和措置です。

どのようなものかというと

の二つです。

フローを見ていただければわかりますように3がNOだった場合は①②、4がNOだった場合は②を満たせば原則的なルールに従って保存できていることになります。
この緩和措置は、例えば数件の取引先と電子メールのやりとりをするだけ、ECサイトでたまに消耗品を購入するだけなど電子取引が少ない場合には有効でしょう。

猶予措置というのは国税庁のパンフレットのフローで、1改ざん防止のための措置ができていない、2ディスプレイ・プリンタ等の備付けができていない、前述の（１）の検索要件の緩和措置にも全く対応できないという場合に受けられる措置で、保存時に満たすべき要件すべてが不要となるものです。

保存要件を猶予する措置であって、保存そのものの猶予ではありません。
猶予措置の適用を受けるためには、

ことが求められています。
相当の理由の具体的な内容については後ほど改めて確認することにしましょう。

実務的なハードルの高さに鑑みますと、改ざん防止の措置はシステム対応をしなくても改ざん防止のための事務処理規程を定めることで対応できますし、電子取引を行っているならば少なくともディスプレイやスマホ、タブレットは備えていることでしょう（プリンタはコンビニでの印刷で対応可能）から、この猶予措置は本格的なシステム対応の途中である大企業や、検索要件の緩和措置への対応も難しい小規模な企業に向けたものでしょう。

とはいえ、検索が全くできない状態でとにかく保存してあればよい、というものではなく、税務職員からの求めに応じてデータを遅滞なく提示できるよう何らかのルールを作ってデータを整理しておくことが必要でしょう。

検索要件の緩和措置については、会社規模も関係してきますが、猶予措置を受ける際には、会社の規模は関係ありません。
検索要件の緩和措置と猶予措置について期限は今のところ定められていません。

「人手不足」「システム整備が間に合わない」「資金不足」など準備が間に合わない理由として幅広いものが認められます。システム整備は行ったが、人手不足のため対応できないという状況も当てはまると思われます。
税務調査の現場では、調査官が納税者の電子取引データ及び書類の保存状況等から、電子取引データ及び出力書面の提示または提出の求めに応じることができるようにしていると判断できた場合は、必ずしも詳細な「相当の理由」の有無を確認しなくてもよいことになっているそうです。
否認事例があるかどうかもまだ明らかにされておらず、個々の税務調査の状況、調査官の判断となるでしょう。
また、猶予措置を受ける為に税務署などへ届け出などは必要ありません。

ただ、あくまで「準備が間に合わない」ことが前提ですので、例えば「人手や資金が十分でシステム整備もしっかりできているのに対応していない」や「既に対応できていたにもかかわらず、特段の理由なく対応をやめた」場合などは認められません。
例えば、電子データとともに印刷した書面を保存するという方法で検索要件に対応していた場合（質問１４の電子取引データをルールに従って保存できていますか？のパンフレットの①と②の対応）に、保存スペースの問題から印刷書面を廃棄してデータのみの保存（検索要件未対応）に変更することは、もともとできていた対応をやめることになりますので、「相当の理由」とは認められません。
（国税庁　電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問64）

また、検索機能の確保など保存要件を満たすことができないことに関する猶予措置であって、電子取引データ保存そのものを猶予する措置ではありませんので、税務調査時には次のような対応が必要です。

国税庁パンフレット「令和6年１月からの電子取引データの保存方法」より抜粋
//www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/tokusetsu/pdf/0023011-012.pdf

はい、猶予措置の適用を受けられたとしても電子取引データの保存は必要になります。
EDIデータ保存に対応しなかったことだけが原因で課される懲役や罰金といった罰則はありません。ただし、電子取引データを保存しないと青色申告承認取消しリスクがあります。EDIデータが全く保存されていない場合も同様です。
また、電子取引データに関して改ざん等の不正が把握されたときは重加算税が10％加重されることになります。

法人の青色申告は、稼働中の法人の98％が承認を受けています。青色申告承認が取り消されてしまうと
▶賃上げ促進税制
▶欠損金の繰越控除
▶研究開発税制
などを受けられません。欠損金の繰越控除は赤字を将来の黒字と相殺できる制度で、中小企業経営では特に重要です。
電子取引データを保存しなかった場合についてですが、即時に青色申告承認の取消しが行われるわけではなく、違反の程度等を総合勘案のうえ、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうかを検討して取消しかどうかが判断されます。例えば、誤ってメールを1件削除してしまったとしてもそれが重大な問題になることはほとんどありません。

重加算税は、企業が行った取引に対して「認識の違い」を問うものではなく、「隠ぺいや改ざんといった故意の不正行為」として厳しく指摘され、課される制裁です。隠ぺいにより本来納めるべき税金を少なく申告していた場合には増差分の35％が重加算税として課されます。電子取引データの改ざんがあった場合にはさらに10％加重されて45％になります。

個別的にEDIデータを保存するようにという指導はありませんが、国税庁から公表されているパンフレットや一問一答などでEDIは電子取引の説明に必ず出てきますから、当然に保存するものという位置づけかと思います。